Организация создана, решением Мосгорисполкома в 1964 году в составе Моспроект-2.
С 1995— ГУП «Зеленоградпроект»,
с 2005 — ГУП г. Москвы "Зеленоградпроект",
с 2009 — ГУП г. Москвы им. И.А. Покровского "Зеленоградпроект"
Организацией запроектированы практически все жилые здания, подавляющее большинство общественных зданий и сооружений города Зеленограда, в т.ч.:
Дворец культуры, Дворец пионеров, 2 кинотеатра, комплексы общественных и торговых зданий в центре города с 29 этажной гостиницей. Здания Совета Федерации в Москве, посольства в Париже и Вьентьяне и много других зданий и сооружений.
В настоящее время — основное направление института разработка проектов застроек микрорайонов, проектов индивидуальных жилых домов со встроенно-пристроенными помещениями и инженерных сетей и объектов и др.